De beste periode om beheermaatregelen uit te voeren is tussen begin september en half oktober. In die periode zijn er nog weinig amfibieën in het water aanwezig. Libellen daarentegen zijn het gehele jaar door aanwezig en daar is dus geen “veilige” periode voor te geven. In deze periode is de temperatuur ook nog voldoende hoog en zijn veel soorten nog actief, waardoor zij zich bij verstoring mogelijk nog kunnen verplaatsen. Het maaien van oevers kan ook in deze periode worden uitgevoerd en het verwijderen van bomen en struiken kan de gehele winter plaatsvinden (maar vóór het vogelbroedseizoen).
Wanneer het wateroppervlak voor 50 - 70% bedekt is met vegetatie komt opschoning in aanmerking. Locaties waar juist bijzondere vegetaties van drijftillen en helofyten voorkomen, kunnen uitzonderingen vormen. Het zal van de lokale omstandigheden (voedselrijkdom) afhangen welke periode er tussen opschoningen zit. Op arme zandgrond zal het eens per 10-15 jaar nodig zijn, op voedselrijke gronden eens per 4-7 jaar.
Rondom poelen die zich in (grazige) vegetaties bevinden die met enige regelmaat gemaaid worden, dient een bufferstrook van tenminste 5 meter om het water te worden ontzien. Deze strook biedt fauna een rustplaats (dekking) en foerageerplaats. Om boomopslag in deze zone te voorkomen, kan de strook gefaseerd worden gemaaid in de periode september tot half oktober. Op plaatsen waar maaien onnodig is, zoals in heideterreinen met dopheide, struikheide en pijpenstrootje, moet beslist niet worden gemaaid.
Bij poelen waar zich na aanleg een waardevolle pioniervegetatie met soorten als koprus, kruipend moerasscherm en Teer guichelheil op de oever ontwikkeld is het wenselijk door gericht periodiek beheer delen van de oever af te schrapen of te plaggen als deze teveel is dichtgegroeid. Deze soorten zijn afhankelijk van het steeds weer ontstaan van open plekken in de vegetatie.
Het verwijderen van opslag dient alleen plaats te vinden wanneer dit ook echt nodig is. De aanwezigheid van enige struikvormers en enkele bomen is vaak gunstig, omdat zij rust- en uitkijkplaatsen voor vogels en insecten bieden en schuilplaatsen voor tal van andere dieren. Wanneer er een te grote schaduwwerking op het water ontstaat, of er veel bladinval is, dient de opslag te worden verwijderd.
Tot het onderhoud van poelen behoort ook het verwijderen van de bezinksellaag (modder). Dit is nodig wanneer de diepte van de poel zodanig is afgenomen dat deze tijdens de zomermaanden dreigt droog te vallen. Ook kan een te grote hoeveelheid rottend blad de waterkwaliteit nadelig beïnvloeden.
Het verdient de voorkeur (zeker bij geïsoleerde poelen) niet de hele poel van vegetatie en sliblaag te ontdoen. Streef naar tenminste 30 tot 50% open water. Het is beter bij de schoningswerkzaamheden naar één kant toe te werken. De poel wordt dan als het ware over een kleine afstand verplaatst. Bij een volgende onderhoudsbeurt kan deze verplaatsing teniet worden gedaan. Verplaatsingen in de richting oost-west genieten de voorkeur. Er blijft dan steeds een deel van de noordelijke oever ongeschonden. Amfibieën zetten hun eieren bij voorkeur af tussen planten. De noordelijke oever is de warmste oever en heeft daarom de voorkeur omdat de eieren zich er sneller ontwikkelen. Het schonen van een poel kan handmatig of met een mobiele kraan met maaikorf. Voor het baggeren wordt vaak een mobiele kraan met dichte bak gebruikt.
Tot het reguliere onderhoud van poelen kan ook het verwijderen van houtopslag op de oevers behoren, om te sterke beschaduwing te voorkomen. Ook hierbij heeft het de voorkeur om niet alle opslag in een keer te verwijderen. Men mag namelijk niet over het hoofd zien dat deze houtopslag ook schuilgelegenheid en beschutting biedt, aan amfibieën en andere diersoorten.
Uitrasteren van poelen heeft zelfs bij extensieve (minder dan een koe per ha) begrazing een voordeel voor het behoud van de oevers en de vegetatie. Runderen kunnen een poel verrijken met hun ontlasting, vooral bij warm weer als de kudde langdurig in het water blijft staan, hetgeen tot verstoring van fauna leidt. Bij extensieve begrazing kan men kiezen voor gedeeltelijk uitrasteren. Bij intensieve begrazing heeft volledig uitrasteren de voorkeur. Een drinkvoorziening kan dan beter met een drinkpompje worden gerealiseerd. Bij grote terreinen met meerdere wateren is het niet nodig alle wateren uit te rasteren. Kies dan voor variatie en raster enkele kleine wateren uit en andere niet of gedeeltelijk. Hoewel paarden zich doorgaans niet in wateren ontlasten, maar vaste latrines gebruiken, kunnen zij de venoevers wel vertrappen. Ook bij inzet van deze grazers kan uitrastering dus nodig zijn.
Werk bij kleinschalig beheer bij voorkeur handmatig (mogelijk met een lokale vrijwilligersgroep) of met de mobiele kraan met maaikorf; voor het baggeren bij voorkeur met mobiele kraan met dichte bak. Op kwetsbare oevervegetaties kunnen rijplaten worden gelegd, zodat rupsbanden geen grote schade aanrichten.
Schoon een poel nooit in één keer, maar voer het gefaseerd uit. Behoud altijd een deel van de ondergedoken waterplanten en (polvormige) oevervegetatie. De aanwezigheid van vegetatie is belangrijk voor veel amfibieën en insecten. Bij het schonen dient circa 2/3 van het oppervlak ongemoeid te worden gelaten. Voor soorten die permanent (jaarrond) of een meerjarige aquatische fase doorlopen (libellenlarven) is het cruciaal om gefaseerd te werken.
Ontzie waardevolle delen zoals verlandingsvegetaties deels. Ook floristisch minder bijzondere verlandingssituaties met bijvoorbeeld fonteinkruiden, riet en lisdodde kunnen faunistisch gezien juist zeer interessant zijn. Bij grotere ingrepen zoals verflauwing van de oever of vergroting van het water, kunnen waardevolle drijvende watervegetaties tijdelijk op het land worden gelegd. Na afronding van de werkzaamheden, die zo kort mogelijk moeten duren, kan de watervegetatie weer worden teruggeplaatst.
Wanneer een clustering van wateren aanwezig is, verdient het aanbeveling om niet alle poelen gelijktijdig te schonen, maar op verschillende tijdstippen. Op deze manier blijven verschillende successiestadia binnen een gebied aanwezig.
Ondiepe, vlakke poelen in een grasland kunnen in droge jaren eenvoudig met het grasland worden meegemaaid.
Bij het verwijderen van de sliblaag dient niet te diep te worden gewerkt. Wanneer de ondergrond ook wordt verwijderd bestaat de kans dat de zaadbank verdwijnt.
Bij het verwijderen van de sliblaag van een water, is het van groot belang om niet alles te verwijderen. Deze organische sliblaag heeft een bufferend vermogen en door verwijdering kan een water verzuren.
Voer maaisel en slib af of verwerk dit op grotere afstand van wateren in hopen of richels.